Муньос — один из ведущих художников своего поколения. Помимо скульптур и инсталляций, является автором нескольких проектов для радио и театра. Письмо играло важную роль в работах Муньоса на протяжении всей его деятельности. Он писал эссе об искусстве прошлого и настоящего, прозу, поэзию и пьесы. Сотрудничал с критиком и писателем Джоном Берджером в радио-передаче «Будет ли это похоже?» (1996), с композитором Гэвином Браерсом в цикле программ «Человек в комнате, азартная игра» (1997), с Джоном Малковичем и Альберто Иглесиасом в «Зарегистрированном патенте. Барабанщик внутри вращающегося ящика» (2001). В 1996–1997 создал свою знаменитую инсталляцию «Место, зовущееся заграницей» в фонде «Диа-Арт» (Нью-Йорк). В 2000 получил Испанскую национальную премию в области визуальных искусств и в июне 2001 выставил в Турбинном зале галереи «Тейт Модерн» свой «Двойной зажим». Персональные выставки Муньоса прошли по всему миру. Его работы представлены в Музее современного искусства в Нью-Йорке, в Музее Хиршхорна и Саду Скульптуры в Вашингтоне, в Галерее Тейт в Лондоне, в Музее Ван Аббе в Эйндховене, в Национальном музее Центра искусств королевы Софии в Мадриде, в Музее современного искусства в Барселоне и др.